ロストオーダーの物語は、産業革命後の19世紀の西洋文明に魔法文明が合わさったような世界で繰り広げられます。その一つの都市、繁栄と享楽を貪る滅都ゴールドヘブンが主要な舞台となります。ゴールドヘブンは、新大陸に植民地政策の一環として作られた階層型の都市で、都市内では貧富の格差や身分格差によって秩序が崩壊しているほか、植民地政策の反感から独立の機運も高まっています。
独立運動や混乱した政治状況の中で様々な陰謀が動き出し、孤児院出身の4人の主人公たちがその中に巻き込まれていくことになります。さらに、ゴールドヘブンでは「天翔る漆黒き十三騎士の伝説」、都の上空に13人の騎士が飛び、神に逆らうと、命を奪われるという伝承が実しやかに囁かれています。
4人の主人公たちは、自由を選ぶのか束縛を選ぶのか、戦争なのか創造なのかといったことをタイトルの通り秩序が失われたロストオーダーの世界で選ぶべく、冒険へと旅立つことになります。